พระครูมงคลวิลาศ (เฉย รอดอนันต์) อดีตเจ้าอาวาสวัดไร่ขิง พร้อมด้วยประชาชนในท้องถิ่นได้ร่วมมือร่วมใจก่อกำเนิดโรงเรียนมัธยมศึกษาขึ้น เปิดเรียนเมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม 2489 โดยมีฐานะเป็นโรงเรียนราษฏร์ชื่อว่า “โรงเรียนอนันต์สุนทรศึกษา” มีพระครูมงคลวิลาศ (เฉย รอดอนันต์)เป็นองค์อุปถัมภ์ นายสุวรรณ อุบลศรี เป็นเจ้าของโรงเรียน นายถวิล โปราณานนท์ เป็นครูใหญ่คนแรก เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 ใช้ศาลาการเปรียญวัดไร่ขิงเป็นที่เรียน เมื่อมีนักเรียนมากขึ้นก็ไปอาศัยอาคารชั่วคราวของวัด เช่น โรงมุงจาก และโรงลิเก เป็นที่เรียน จนถึงปี พ.ศ. 2499 รวมเวลา 10 ปีเต็ม

     ในปี พ.ศ.2500 พระครูมงคลวิลาศ (เฉย รอดอนันต์) ได้จัดหาที่เรียนให้ใหม่ โดยต่อเติมเรือนปั้นหยา 2 ชั้น ซึ่งอยู่ทางทิศตะวันตกของวัด (ปัจจุบันเป็นที่ตั้งของโรงเรียนวัดไร่ขิงสุนทรอุทิศ) ให้เป็นที่เรียน และแต่งตั้ง นายธีระ เหล็กเพชร เป็นครูใหญ่แทน นายถวิล โปราณานนท์ ที่ขอลาออก จนถึงปี พ.ศ.2502 นายธีระ เหล็กเพชร ขอลาออก จึงแต่งตั้ง นายวิจิตร พร้อมมูล ดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน จนถึงปี พ.ศ. 2510 ได้มีการเริ่มต้นปรับปรุงการศึกษาของโรงเรียนอนันต์สุนทรศึกษาอย่างขนานใหญ่ โดย พระราชปัญญาภรณ์ (ปัญญา อินทปัญโญ) เจ้าอาวาสวัดไร่ขิง (สมณศักดิ์ชั้นยศในขณะนั้น) ได้จัดซื้อที่ดินแปลงใหม่ เนื้อที่ 18 ไร่ สร้างอาคารเรียน 3 ชั้น แบบคอนกรีตทรงไทยประยุกต์ ขนาด 24 ห้องเรียน จำนวน 1 หลัง พร้อมด้วยอาคารประกอบต่าง ๆ มีโรงอาหาร-หอประชุม 1 หลัง ห้องสุขาชาย 1 หลัง สุขาหญิง 1 หลัง เจาะบ่อน้ำบาดาล 1 บ่อ สร้างถังน้ำบาดาล 1 ถัง ใช้เวลาดำเนินการจนถึงปี 2514 จึงแล้วเสร็จ โดยมีพระราชปัญญาภรณ์ เจ้าอาวาส นายเลี้ยน ปัถวี กรรมการวัด นายฉลวย เปรมสัตย์ธรรม ตัวแทนวัดเป็นเจ้าของโรงเรียน นายทวี สุจจิตจูร ครูผู้จัดการโรงเรียนอนันต์สุนทรศึกษา ร่วมกับคณะกรรมการวัดไร่ขิง เป็นผู้ควบคุมดำเนินการก่อสร้าง และได้ย้ายโรงเรียนมาตั้งในที่ปัจจุบัน เมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม พ.ศ. 2515 ต่อมาภายหลัง พระราชปัญญาภรณ์ (ปัญญา อินทปัญโญ) เจ้าอาวาสวัดไร่ขิง ได้จัดซื้อที่ดินเพิ่มเติมให้โรงเรียนจนมีเนื้อที่อาณาเขตรั้วโรงเรียน รวมทั้งสิ้น 37 ไร่ 2 งาน

     พ.ศ.2516 พระราชปัญญาภรณ์ (ปัญญา อินทปัญโญ) เจ้าอาวาสวัดไร่ขิง ในฐานะองค์อุปถัมภ์โรงเรียน ได้ประชุมคณะกรรมการฝ่ายต่าง ๆ ขอความเห็นที่จะโอนกิจการของโรงเรียนนี้ให้รัฐบาลดำเนินการต่อไป เพื่อสนับสนุนนโยบายของรัฐบาลที่มุ่งขยายการศึกษาออกสู่ท้องถิ่นชนบทอย่างกว้างขวาง ที่ประชุมมีมติเห็นชอบด้วย จึงทำเรื่องขอโอนไปยังกระทรวงศึกษาธิการ เมื่อวันที่ 19 มีนาคม พ.ศ.2517 กระทรวงศึกษาธิการโดยความเห็นชอบของคณะรัฐมนตรี ได้รับโอนโรงเรียนอนันต์สุนทรศึกษามาเป็นโรงเรียนรัฐบาล สังกัดกองการมัธยมศึกษา กรมสามัญศึกษา และเปลี่ยนชื่อใหม่ นามว่า “โรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยา” โดยมี นายวิจิตร พร้อมมูล รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ ต่อมา กรมสามัญศึกษา ได้แต่งตั้ง นายพิษณุ รัตนสุพร มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยา เมื่อวันที่ 1 กันยายน พ.ศ.2517 ขณะนั้นมีนักเรียน 11 ห้องเรียน จำนวน 369 คน ครู 23 คน ลูกจ้างประจำ 3 คน

     พ.ศ.2521 กระทรวงศึกษาธิการ ได้อนุญาตให้โรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยา เปิดสอนตั้งแต่ระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น จนถึงชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย (ม.1 – ม.6) วันที่ 22 ตุลาคม 2521 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชมหาราช ได้เสด็จพระราชดำเนินมาถวายผ้าพระกฐิน ณ วัดไร่ขิง และได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อม เปิดป้ายนาม “โรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยา” เพื่อเป็นสิริมงคลสืบไป นับเป็นเกียรติประวัติสูงยิ่งของโรงเรียนและนำความปลาบปลื้มปิติยินดีมาสู่ชาวไร่ขิง ด้วยความสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณเป็นล้นพ้น

     ตลอดระยะเวลาที่ นายพิษณุ รัตนสุพร ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ได้รับความร่วมมือจากคณะครู ผู้ปกครอง ศิษย์เก่า นักเรียนในขณะนั้น และชุมชน วัดไร่ขิง ช่วยกันพัฒนาและปรับปรุงโรงเรียนในทุกด้าน ทำให้โรงเรียนเจริญรุ่งเรืองขยายใหญ่โตอย่างรวดเร็ว จนได้เลื่อนตำแหน่งจากครูใหญ่เป็นอาจารย์ใหญ่และเป็นผู้อำนวยการโรงเรียนตามลำดับในเวลาต่อมาเพียงระยะเวลาไม่ถึง 10 ปี

     ในปี พ.ศ. 2528 ภายใต้การบริหารงานของ นายประสก มนุญญวงศ์ ผู้อำนวยการโรงเรียน ได้ริเริ่มให้มีการก่อตั้งสมาคมผู้ปกครอง ครู และศิษย์เก่า ขึ้น โดยการเชิญตัวแทนครู ประชุมหารือการก่อตั้งร่วมกับศิษย์เก่าที่มีชื่อเสียงหลายท่าน และตัวแทนผู้ปกครองในขณะนั้น ได้มีมติก่อตั้งสมาคมฯขึ้นเป็นครั้งแรก ใช้ชื่อว่า “สมาคมผู้ปกครอง ครูและศิษย์เก่าอนันต์ฯ-วัดไร่ขิงวิทยา” เพื่อให้การสนับสนุนกิจกรรมของโรงเรียน โดยมี นายประวัติ หิรัญ ศิษย์เก่าโรงเรียนอนันต์สุนทรศึกษา เลขประจำตัวนักเรียน เลขที่ 2 ได้รับการเลือกตั้งจากที่ประชุมให้เป็นนายกสมาคมฯ คนแรกและตั้งแต่ปี พ.ศ. 2547 เป็นต้นมา การบริหารงานโรงเรียนได้มีการจัดรูปแบบใหม่ เพื่อให้เป็นไปตามที่กำหนดในพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ.254 โดยกฎกระทรวงศึกษาธิการ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษานครปฐม เขต 2 ได้แต่งตั้งคณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐานโรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยาขึ้นมาให้เป็นองค์คณะในการบริหารกิจการการจัดการศึกษาของโรงเรียน จำนวน 15 คน ประกอบด้วยตัวแทนจากคณะบุคคลต่าง ๆ ในท้องถิ่น มีกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ 1 ท่านเป็นประธานคณะกรรมการ ผู้อำนวยการโรงเรียนเป็นกรรมการและเลขานุการโดยตำแหน่ง บริหารจัดการในรูปแบบการใช้โรงเรียนเป็นฐาน (School-BasedManagement)

     กรมสามัญศึกษา/สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน/คณะอนุกรรมการข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษา (อ.ก.ค.ศ.) เขตพื้นที่การศึกษานครปฐม เขต 2 / เขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 9 (ตามยุคสมัย) ได้มีมติให้มีการโยกย้ายผู้บริหารเพื่อความเหมาะสมอยู่เสมอ จึงทำให้โรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยา พัฒนาการจัดการศึกษาได้อย่างต่อเนื่องตามทิศทางการจัดการศึกษาและหลักการบริหารงานของผู้อำนวยการโรงเรียนในแต่ละยุคสมัย สามารถสนองตอบตามนโยบายของกระทรวงศึกษาธิการได้เป็นอย่างดีมาโดยตลอด จนได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนผู้นำการเปลี่ยนแปลงเพื่อรองรับการกระจายอำนาจ เป็นโรงเรียนมาตรฐานสากล โรงเรียนในโครงการเครือข่ายจัดการเรียนการสอนวิทยาศาสตร์-คณิตศาสตร์เป็นภาษาอังกฤษ (EIS) โรงเรียนยอดนิยมในส่วนภูมิภาค และโรงเรียนในโครงการจัดการศึกษาไร้พรมแดน

     ตั้งแต่ปีการศึกษา 2547 เป็นต้นมาโรงเรียนตระหนักในความสำคัญที่จะพัฒนาผู้เรียนตามคุณลักษณะอันพึงประสงค์ จึงจัดโครงการส่งเสริมศักยภาพผู้เรียนตามแนวทางโรงเรียนวิถีพุทธ กิจกรรมส่งเสริมและสนับสนุนนักเรียนสมัครเรียนและเข้าสอบธรรมศึกษาสนามหลวง ชั้นตรี ชั้นโท และชั้นเอก โดยมีผลสรุปการดำเนินการดังนี้

     เมื่อวันที่ 21 กรกฎาคม พ.ศ.2548 โรงเรียนได้รับพระราชทานโล่จากสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก “ขออนุโมทนาโรงเรียนวัดไร่ขิงวิทยาที่ได้จัดการเรียนการสอนธรรมศึกษา ในปีพุทธศักราช 2547 ซึ่งมีนักเรียนสอบได้มากเป็นลำดับที่ 3 ในส่วนภูมิภาค เป็นกำลังสำคัญในการเผยแผ่พระพุทธศาสนา และส่งเสริมคุณธรรมจริยธรรมแก่เยาวชนของชาติ ควรแก่การสรรเสริญและประกาศเกียรติคุณ ขอจงถึงความเจริญงอกงามไพบูลย์ในพระพุทธศาสนาเทอญ”

     ปี พ.ศ. 2550 ได้รับความเมตตากรุณาจากท่านเจ้าคุณพระพิพัฒน์วิริยาภรณ์ ผู้รักษาการแทนเจ้าอาวาสวัดไร่ขิงพระอารามหลวงมอบเงินทุนสนับสนุนผู้สอบไล่ได้ธรรมศึกษาชั้นตรี ชั้นโท และชั้นเอก จำนวน 996 คน เป็นเงิน 491,500 บาท

     ปี พ.ศ. 2551 ท่านเจ้าคุณพระพิพัฒน์วิริยาภรณ์ (สมณศักดิ์ชั้นยศในขณะนั้น) เจ้าอาวาสวัดไร่ขิงพระอารามหลวง เจ้าคณะอำเภอพุทธมณฑล ได้ให้ความเมตตามอบเงินทุนสนับสนุนผู้สอบไล่ได้ธรรมศึกษาชั้นเอก จำนวน 186 คน เป็นเงิน 93,000 บาท ในปี พ.ศ.2552 มอบเงินทุนสนับสนุนผู้สอบไล่ได้ธรรมศึกษาชั้นเอก จำนวน 277 คน เป็นเงิน 141,000 บาท ปี พ.ศ.2553 มอบเงินทุนสนับสนุนผู้สอบไล่ได้ธรรมศึกษาชั้นเอก จำนวน 163 คน เป็นเงิน 81,500 บาท และตั้งแต่ ปี พ.ศ. 2552 เป็นต้นมา มูลนิธิหลวงพ่อวัดไร่ขิง ได้มอบเงินสนับสนุนการจัดสอบธรรมศึกษาแก่โรงเรียนทุกปี ๆ ละ 10,000 บาท